Pathologie moléculaire

Services

Inclusion de tissus en bloc de paraffine

Les tissus préalablement fixés seront circulés et inclus en bloc de paraffine au service de pathologie du CHUM (hôpital).


Coupe au microtome

Le microtome coupe des blocs de tissus enrobés de paraffine. Les tissus sectionnés déposés sur lames peuvent ensuite être colorés par H&E, immunohistochimie ou immunofluorescence.


Microscopie

Le microscope Olympus Optical BX31TF permet d’observer les tissus sur les lames préparées.


Coupe au cryostat

Le cryostat permet la coupe de tissus frais.


Extractions d’ADN et d’ARN

L’extraction d’ADN et d’ARN peut être effectuée à partir de tissus congelé frais (avec ou sans OCT) ou de tissus inclus en paraffine à l’aide du système QIAcube. L’ADN peut également être extrait à partir d’échantillons de sang ou de cellules.


Dosage et analyse de la qualité de l’ADN et de l’ARN

L’utilisation d’un appareil TapeStation permet d’effectuer le dosage et le contrôle de la qualité des échantillons d’ADN (DIN) et d’ARN (RIN) avec seulement 1µL d’échantillon.


Préparateur/colorateur de lames avec ordinateur et écran

Cet équipement permet le marquage automatisé de lames en immunofluorescence ou en immunohistochimie. Les expériences d’immunohistochimie sont entièrement réalisées par un automate de la marque Ventana, ce qui augmente grandement la reproductibilité et la fiabilité des résultats.

Pour les projets d’immunofluorescence, la plateforme offre la possibilité aux utilisateurs de numériser des lames avec cinq canaux différents.


Coloration de routine H&E

Combinées ou non à la coupe de tissus, les colorations de type H&E servent à identifier les différentes parties du tissu (ex. stroma, épithélium) et seront effectuées de façon automatisée par le colorateur.


Construction de micro-étalage de tissus (TMA ou tissue microarray)

Les TMAs permettent de regrouper une grande cohorte de patient sur un même bloc de paraffine, en prenant des carottes de tissus d'intérêt et en les rassemblant sur un nouveau bloc de paraffine de façon ordonnée. Les TMAs peuvent être faits avec une grande diversité de tissus. Les carottes ont généralement un diamètre de 0.6 mm mais peuvent aussi être de 1.0 mm ou 1.5 mm. Il est ainsi possible de faciliter les études d'immunohistochimie de la cohorte en réduisant le nombre de lames à marquer, les coûts d'anticorps, le temps de marquage et le temps d'analyse.


Création de culots de cellules

Les cellules en cultures peuvent être fixées à la formaline puis incluses dans un culot d'histogel, qui est ensuite enrobé dans la paraffine (en pathologie) pour former un bloc. Les cellules peuvent ainsi être utilisées pour être mises sur un TMA ou pour être directement marquées par immunohistochimie.


Prélèvement de carottes de tissus en bloc de paraffine

À l'aide du Tissue Arrayer, une carotte de tissus pourra être prélevée d'un bloc de paraffine et insérée dans un tube (RNAseq ou autres).


Microscopie avec numérisateur de lames

La numérisation des lames de microscopie est effectuée avec deux microscopes.

Microscope VS110 (Olympus) : Les lames peuvent être scannées à 10X, 20X ou 40X. Le microscope est doté de cinq canaux en fluorescence : DAPI, FITC, TRITC, Cy5 et Cy7. Les images peuvent ensuite être visualisées à l'aide d'un programme gratuit (OlyVIA).

Microscope Aperio Versa 200 : Les lames peuvent être scannées à 5X, 10X, 20X ou 40X. Le microscope est doté de sept canaux en fluorescence : DAPI, Green, Orange, Gold, Red, Cy5 et Cy7. Les images peuvent être visualisées à l’aide d’un programme gratuit également (ImageScope).

La numérisation de lames peut se faire en champs clair et en fluorescence avec les deux microscopes.


Conseils en histologie

Le personnel de la plateforme peut offrir des conseils sur la spécificité d’anticorps, la qualité d’un marquage ou l’analyse de micro-étalages de tissus.


Analyse d'images automatisée

Les images obtenues après la numérisation de lames peuvent être analysées par un programme informatique (Visiomorph de Visiopharm).

La plateforme est dotée de deux licences du logiciel Visiomorph de la compagnie Visiopharm, un logiciel d’une grande puissance pour l’analyse d’images en immunohistochimie et en immunofluorescence.


Service d’histopathologie d’investigation

Lecture de lames histopathologiques humaines et animales; interprétation, conseils et orientation en immunohistochimie et immunofluorescence; conseils pratiques en macroscopies humaine et animale; rédactions de paragraphes pour les demandes de fonds et articles; formation et prise en charge des étudiants en histologie; accessibilité au savoir histologique.